Microbiote du sol, des plantes, animal et humain : qu'ont-ils à nous apprendre ?
Avis d’expert – Microbiotes, des écosystèmes en interaction : deux questions à Marc-André Selosse
Marc-André Selosse est professeur au Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris, ainsi qu’aux universités de Kunming (Chine) et de Gdansk (Pologne). Ses recherches portent sur l’écologie et l’évolution des mycorhizes, une symbiose majeure entre les champignons du sol et les racines de la plupart des plantes terrestres. Il s’intéresse également de manière générale à la symbiose et à son évolution. Il a dirigé la Société Botanique de France pendant dix ans et est aujourd’hui président de la Fédération BioGée, membre de l’Académie d’Agriculture de France et rédacteur en chef de quatre revues scientifiques internationales : New Phytologist, Ecology Letters, Symbiosis et Botany Letter.
Le microbiote, c’est la biodiversité des microorganismes qui vivent dans un endroit précis, par exemple dans le sol, une plante ou dans les différentes cavités de notre organisme (essentiellement dans l’intestin, mais également dans la peau, le vagin, la bouche, etc.). Notre corps renferme une grande variété de bactéries, champignons, levures, mais également de virus dont le rôle n’est pas bien connu. Grâce à leur génome, ces différents microbiotes ont tous des fonctions qui sont plus ou moins similaires et contribuent à réguler la physiologie de leur hôte en termes de nutrition, d’immunité, de développement, de comportement … A l’inverse des gènes des hôtes qui sont hérités et fixés dès la conception, les microbiotes peuvent être influencés et modifiés au cours de la vie, notamment par l’environnement et le mode de vie. Actuellement, notre hygiène excessive et notre régime alimentaire occidental (aliments stérilisés avec des conservateurs ou des émulsifiants…) rend notre microbiote moins diversifié. Ce manque de diversité serait impliqué dans l’apparition de maladies métaboliques, immunitaires ou nerveuses.
Par ailleurs, notre microbiote n’est pas uniquement synonyme de biodiversité, mais représente surtout un écosystème dans lequel les microorganismes interagissent ensemble. Ces relations sont celles qui comptent le plus dans le microbiote car ce sont elles qui nous aident à vivre et à fonctionner normalement.
Le microbiote, c’est la biodiversité des microorganismes qui vivent dans un endroit précis, par exemple dans le sol, une plante ou dans les différentes cavités de notre organisme (essentiellement dans l’intestin, mais également dans la peau, le vagin, la bouche, etc.). Notre corps renferme une grande variété de bactéries, champignons, levures, mais également de virus dont le rôle n’est pas bien connu. Grâce à leur génome, ces différents microbiotes ont tous des fonctions qui sont plus ou moins similaires et contribuent à réguler la physiologie de leur hôte en termes de nutrition, d’immunité, de développement, de comportement … A l’inverse des gènes des hôtes qui sont hérités et fixés dès la conception, les microbiotes peuvent être influencés et modifiés au cours de la vie, notamment par l’environnement et le mode de vie. Actuellement, notre hygiène excessive et notre régime alimentaire occidental (aliments stérilisés avec des conservateurs ou des émulsifiants…) rend notre microbiote moins diversifié. Ce manque de diversité serait impliqué dans l’apparition de maladies métaboliques, immunitaires ou nerveuses.
Par ailleurs, notre microbiote n’est pas uniquement synonyme de biodiversité, mais représente surtout un écosystème dans lequel les microorganismes interagissent ensemble. Ces relations sont celles qui comptent le plus dans le microbiote car ce sont elles qui nous aident à vivre et à fonctionner normalement.
Souvent, le microbiote est déjà saturé par la présence abondante de microorganismes, ce qui rend l’inoculation d’un nouveau microbe difficile. Ainsi, les bactéries qui colonisent notre alimentation ne sont pas certaines de s’installer, les chances étant très faibles. En effet, une alimentation riche en microbes peut avoir trois types d’effets. Le premier est l’effet probiotique qui demeure compliqué à établir puisque la vie dans la plante n’est pas identique à celle dans notre tube digestif. D’ailleurs, beaucoup de souches bactériennes vendues en pharmacie sous forme de compléments alimentaires ne sont pas efficaces à cause de la compétition avec les microorganismes déjà présents dans notre corps.
Le deuxième effet, l’effet prébiotique, consiste à entretenir le microbiote en le nourrissant. En effet, il est possible de faire persister certaines bactéries provenant de l’alimentation, mais à condition d’apporter dans notre tube digestif leurs nutriments que sont les fibres alimentaires. Cette installation du microbiote ne peut durer que si on continue à les alimenter. Ainsi, il existe plus de preuves sur les effets « prébiotiques » que sur les effets « probiotiques ».
Enfin, l’effet parabiotique, quant à lui, consiste à l’ingestion de microbes fermentaires présents dans certains aliments qui, sans s’installer, mais en circulant par le tube digestif, modifient le microbiote résidant. Ils favorisent les bactéries bénéfiques à la santé humaine (par ex. celles qui régulent le système immunitaire) et diminuent la présence de celles qui sont défavorables (par ex. celles responsables de l’état inflammatoire). C’est notamment l’effet des yaourts et des produits lactofermentés (ex de la choucroute, saucisse de campagne) et des produits non cuits.
Souvent, le microbiote est déjà saturé par la présence abondante de microorganismes, ce qui rend l’inoculation d’un nouveau microbe difficile. Ainsi, les bactéries qui colonisent notre alimentation ne sont pas certaines de s’installer, les chances étant très faibles. En effet, une alimentation riche en microbes peut avoir trois types d’effets. Le premier est l’effet probiotique qui demeure compliqué à établir puisque la vie dans la plante n’est pas identique à celle dans notre tube digestif. D’ailleurs, beaucoup de souches bactériennes vendues en pharmacie sous forme de compléments alimentaires ne sont pas efficaces à cause de la compétition avec les microorganismes déjà présents dans notre corps.
Le deuxième effet, l’effet prébiotique, consiste à entretenir le microbiote en le nourrissant. En effet, il est possible de faire persister certaines bactéries provenant de l’alimentation, mais à condition d’apporter dans notre tube digestif leurs nutriments que sont les fibres alimentaires. Cette installation du microbiote ne peut durer que si on continue à les alimenter. Ainsi, il existe plus de preuves sur les effets « prébiotiques » que sur les effets « probiotiques ».
Enfin, l’effet parabiotique, quant à lui, consiste à l’ingestion de microbes fermentaires présents dans certains aliments qui, sans s’installer, mais en circulant par le tube digestif, modifient le microbiote résidant. Ils favorisent les bactéries bénéfiques à la santé humaine (par ex. celles qui régulent le système immunitaire) et diminuent la présence de celles qui sont défavorables (par ex. celles responsables de l’état inflammatoire). C’est notamment l’effet des yaourts et des produits lactofermentés (ex de la choucroute, saucisse de campagne) et des produits non cuits.